[웹이코노미=김필주 기자] 앞으로 실거래가 9억원을 초과한 고가주택 1채를 보유한 자가 장기보유특별공제를 받으려면 2년 이상 거주해야 한다.

16일 정부는 국무회의를 열고 이같은 내용이 담긴 소득세법‧종합부동산세법‧조세특례제한법 시행령 개정안을 의결했다.

이날 의결한 개정안은 ‘9‧13주택시장 안정대책’에 따라 투기억제, 실수요자 보호, 맞춤형 대책 등의 원칙에 입각해 1세대1주택자에 대한 특혜를 실수요자 중심으로 개편하고 주택임대사업자에 대한 과도한 세제혜택을 조정하는 내용 등이 포함됐다.

먼저 고가(실거래가 9억원 초과) 1주택자에 대한 장기보유특별공제 요건을 강화했다. 그동안 고가 1주택자는 거주기간 요건 없이 보유기간에 따라 최대 80% 장기보유특별공제가 적용됐다.

하지만 이번 개정을 통해 고가 1주택자는 앞으로 2년 이상 거주한 경우에 한해 10년 이상 보유할 때 최대 80%까지 장기보유특별공제가 적용된다.

2년 미만 거주시에는 일반 장기보유특별공제가 적용돼 15년 이상 보유해야 최대 30%까지 공제가 가능하다.

정부는 1주택자의 신뢰이익 보호를 위해 1년간 유예기간을 두고 오는 2020년 1월 1일 이후 양도하는 주택에 대해서 적용할 방침이다.

조정대상지역 일시적2주택 중복보유 허용기간은 단축했다. 기존 일시적2주택자는 신규 주택 취득 후 3년 내 종전주택을 양도하면 양도세가 비과세됐으나 이번 법령 개정으로 앞으로는 2년 이내에 종전주택을 양도해야 양도세가 비과세된다.

일시적2주택 중복보유 허용기간 단축은 조정대상지역 내 종전주택이 있는 상태에서 지난 9월 14일 이후 조정대상지역 내 신규 주택을 취득하는 분부터 적용된다.

조정대상지역에서 신규취득한 임대주택에 대해서 양도세가 중과된다. 이전에는 조정대상지역 다주택자가 8년 장기 임대등록 주택(공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하)을 양도하면 양도세 중과 대상에서 제외됐다.

하지만 향후에는 개정안에 따라 1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에서 새로 취득한 주택은 임대등록시에도 양도세가 중과된다. 양도세 중과 규모는 2주택일 경우 ‘일반세율+10%p’, 3주택 이상은 ‘일반세율+20%p’다.

조정대상지역 신규 취득 임대주택 양도세 중과는 지난달 14일 이후 조정대상지역 내 주택을 신규 취득해 임대등록하는 분부터 적용된다.

조정대상지역 양도세 중과 제외 대상도 추가했다. 그동안에는 다주택자가 조정대상지역 주택을 양도하는 경우 양도세가 중과됐으나 개정안에는 다주택자가 조정대상지역 지정 전 주택 양도를 위해 매매계약을 체결하고 계약금을 지급받은 사실이 증빙서류에 의해 확인될 시 양도세 중과 대상에서 제외토록 했다.

조정대상지역 신규취득 임대주택에 대해 종부세도 과세된다. 기존에는 8년 장기 임대등록한 주택(공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하)에 대해 종부세가 면제됐으나 앞으로는 1주택 이상을 보유한 1세대가 조정대상지역에 신규 취득한 주택은 임대등록시에도 종부세 합산 과세를 한다.

등록 임대주택 양도세 감면 가액기준은 신설됐다. 이전에는 주거전용면적 85㎡ 이하, 수도권 밖 읍·면지역은 100㎡ 이하 등 등록 임대주택에 대해 양도세가 감면됐으나 이번 법령 개정으로 임대개시시 공시가격 수도권 6억원, 비수도권 3억원 이하 주택에 한해서만 양도세가 감면된다.

김필주 기자 webeconomy@naver.com